Su entusiasmo por los triunfos cosechados en Francia chocó contra la frío atmósfera que se respiraba en el Estado Mayor del Ejército. Su predecesor como director del grupo II del departamento de organización, el capitán de Estado Mayor Bernd von Pezold, un antiguo amigo de la época de Bamberg, no creía que Alemania pudiera ganar la guerra, y Stauffenberg sí lo creía posible.
Abordó su nuevo destino con entusiasmo. Esperaba introducir una serie de cambios por los que había luchado en vano durante su servicio en el campo de batalla. Claus no tardó en trabajar codo con codo con el jefe del departamento, el coronel de Estado Mayor Walther Buhle. El problema era tener que coordinar las actividades del Estado Mayor con las oficiales militares y gubernamentales situadas al mismo nivel, y "depender de un Führer absoluto con unas ideas muy personales", tal y como confesaba a su esposa en una carta. En ella reconocía que debería acostumbrarse a que sus esfuerzos quedaran anulados "por una súbita decisión del Führer". En dos semanas advirtió que el principal problema de trabajar en el Estado Mayor era la caótica estructura de mando de la Wehrmacht.
A mediados de julio de 1940, Albrecht Ritter Mertz von Quirnheim, que en la campaña de Francia había sido condecorado con la Cruz de Hierro de primera clase por su valentía mientras servía como oficial Ia de la 290ª ID, se convirtió en el director del grupo IV (Experiencias) del departamento de organización. En noviembre fue ascendido a comandante y en diciembre asumió el mando del grupo I, puesto en el que permaneció hasta noviembre de 1942.
Como Stauffenberg, Mertz estaba convencido de que los británicos estaban vencidos estratégicamente y no podía entender que se aferraran con tantas fuerzas a una lucha que tenían perdida. Era obvio que no tomaba en cuenta la política del equilibrio continental. El 19 de julio Francia pidió el armisticio. Tres días después Stauffenberg escribió a su esposa: "Su derrota es total, su ejército está destruido. Esta nación ha recibido un golpe del que no se recuperará fácilmente".
Habló a menudo, en las semanas siguientes, del fatal error de Hitler al dejar escapar a los ingleses de Dunkerque. Al primo de su esposa, el barón von Lerchenfeld, le dijo que los logros de Hitler quedaban ensombrecidos por los graves errores cometidos en Dunkerque. Ahora, la guerar costaría más vidas a los alemanes. En otra ocasión habló con despercio de la decisión de Hitler de no perseguir a los británicos por el canal.
Stauffenberg era un soldado profesional, y jamás consideró a Hitler como tal. Reconocía, sin embargo, su talento, su "olfato para los asuntos militares". En 1940 o 1941 le dijo a Kurt Nettesheim, su librero de Wuppertal, que desde que estaba en el cuartel general había variado la opinión negativa que antes tenía sobre Hitler. Le dijo que éste contemplaba las cosas en un contexto más amplio y luchaba por el futuro de Alemania. Estar cerca de él estimulaba el pensamiento creativo: había que ayudarlo a ganar la guerra.
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De izquierda a derecha: la condesa Caroline Stauffenberg, con Alfred Stauffenberg en brazos; Alexander Stauffeberg con el hijo de Claus, Berthold; Nina Stauffenberg; Claus Stauffenberg con su hijo Heimeran sentado en sus rodillas; Olga Üxküll. Fotografía tomada en Lautlingen, en 1940.